การขุดลอกห้วย หนอง คลอง บึง บาง ลำน้ำ ทะเลสาบ ที่ชายทะเล เป็นการป้องกันและแก้ไขปัญหา อุทกภัยและภัยแล้งที่ประชาชนได้ประสบบ่อยครั้ง โดยมีการดำเนินการป้องกันและแก้ไขปัญหาดังกล่าวในทุกจังหวัด ซึ่งมีหลักการว่าให้ประชาชนหรือเอกชนมีส่วนร่วมในการขุดลอกและสามารถที่จะนำกรวด หิน ดิน ทราย ที่ได้จากการขุดลอกไปแทนค่าจ้างขุดลอกได้ หรือให้ทางราชการนำไปเป็นประโยชน์ของราชการได้ แต่กลับพบว่า การดำเนินโครงการเกี่ยวกับการขุดลอกแหล่งน้ำต่าง ๆ มีการทุจริตอย่างกว้างขวาง ทำให้ประชาชนเดือดร้อนและร้องเรียนจำนวนมาก โดยเจ้าหน้าที่รัฐการปล่อยให้มีการ ขุด ลอก ถม ลำน้ำสาธารณะโดยมิชอบ ซึ่งถือว่าเป็นการบุกรุกที่ดินอันเป็นสาธารณสมบัติของแผ่นดิน นำไปใช้เป็นประโยชน์ส่วนตน หรือเอื้อประโยชน์ให้แก่เอกชนรายใดรายหนึ่งโดยมิชอบ สำหรับรูปแบบของการทุจริตเกี่ยวกับการขุดลอกคู คลอง ห้วย หนอง บึง พบว่า พฤติกรรมการกระทำทุจริตมีหลากหลายรูปแบบ อาทิ การดำเนินการโดยขาดการมีส่วนร่วมของภาคประชาชน หรือขาดการทำ ประชาพิจารณ์หรือไม่มีการรับฟังความคิดเห็นของประชาชน การไม่เผยแพร่ประกาศหรือไม่ติดตั้งป้ายโครงการ การทุจริตค่าเวนคืนที่ดิน นำมูลดินที่ขุดไปขายโดยมิชอบ/นำมูลดินออกจากพื้นที่โดยมิชอบ จำนวนดินที่ขุดลอก ไม่เป็นไปตามที่สัญญากำหนด การขุดลอกดินผิดจุด การจ่ายค่าจ้างเป็น กรวด หิน ดิน ทรายแทนค่าจ้าง ส่งผลให้มีการขุดดินเกินปริมาณที่กำหนด และการดำเนินการไม่เป็นไปตามสัญญา เป็นต้น
การทุจริตเกี่ยวกับการขุดลอกแหล่งน้ำต่าง ๆ เป็นการกระทำความผิดที่ขัดต่อระเบียบและกฎหมาย ที่เกี่ยวข้อง เช่น ระเบียบกระทรวงมหาดไทยว่าด้วยวิธีการเกี่ยวกับการขุดลอกแหล่งน้ำสาธารณประโยชน์ที่ตื้นเขิน พ.ศ. 2547 และระเบียบกระทรวงมหาดไทยว่าด้วยการดูแลรักษาและคุมครองป้องกันที่ดินอันเป็นสาธารณสมบัติ ของแผนดินสำหรับพลเมืองใช้รวมกัน พ.ศ. 2553 เป็นต้น ซึ่งหากเจ้าหน้าที่รัฐเข้าไปมีส่วนเกี่ยวข้องกับการรุกล้ำลำน้ำสาธารณะแล้วจะมีโทษตามกฎหมาย อาทิ ประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 151 ระบุว่า ผู้ใดเป็นเจ้าพนักงาน มีหน้าที่ซื้อ ทำ จัดการหรือรักษาทรัพย์ใด ๆ ใช้อำนาจในตำแหน่งโดยทุจริต อันเป็นการเสียหายแก่รัฐ เทศบาล สุขาภิบาลหรือเจ้าของทรัพย์นั้น ต้องระวางโทษจำคุกตั้งแต่ห้าปีถึงยี่สิบปี หรือจำคุกตลอดชีวิต และปรับตั้งแต่หนึ่งแสนบาทถึง สี่แสนบาท มาตรา 152 ระบุว่า ผู้ใดเป็นเจ้าพนักงาน มีหน้าที่จัดการหรือดูแลกิจการใด เข้ามีส่วนได้เสียเพื่อประโยชน์สำหรับตนเองหรือผู้อื่น เนื่องด้วยกิจการนั้น ต้องระวางโทษจำคุกตั้งแต่หนึ่งปีถึงสิบปี และปรับตั้งแต่สองหมื่นบาท ถึงสองแสนบาท นอกจากนี้ มาตรา 157 ระบุว่า ผู้ใดเป็นเจ้าพนักงาน ปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ เพื่อให้เกิดความเสียหายแก่ผู้หนึ่งผู้ใด หรือปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยทุจริต ต้องระวางโทษจำคุกตั้งแต่หนึ่งปีถึงสิบปี หรือปรับตั้งแต่สองหมื่นบาทถึงสองแสนบาท หรือทั้งจำทั้งปรับ
จากปัญหาการทุจริตดังกล่าวทำให้สำนักงาน ป.ป.ช. ดำเนินการเฝ้าระวังการทุจริต เพื่อเป็นการป้องปรามเจ้าหน้าที่รัฐให้เกิดความยำเกรงมิให้กระทำการทุจริต โดยสำนักงาน ป.ป.ช. ได้บูรณาการหน่วยงานภายใน ทั้งสำนักเฝ้าระวังและประเมินสภาวการณ์ทุจริต สำนักงาน ป.ป.ช. ภาค สำนักงาน ป.ป.ช. จังหวัดทั่วประเทศ ในการติดตาม เฝ้าระวัง ประเมินสภาวการณ์อย่างรวดเร็ว (rapid appraisal) เพื่อเป็นการป้องปรามการทุจริต ที่อาจเกิดขึ้น โดยในปีงบประมาณ พ.ศ. 2566 สำนักงาน ป.ป.ช. เฝ้าระวังการทุจริตเกี่ยวกับการขุดลอกแหล่งน้ำ 464 โครงการ ซึ่งสามารถป้องกันความเสียหายที่อาจเกิดขึ้น (คำนวณจากงบประมาณโครงการ) 1,748,287,647.76 บาท (หนึ่งพันเจ็ดร้อยห้าสิบแปดล้านสองแสนแปดหมื่นเจ็ดพันหกร้อยสี่สิบเจ็ดบาทเจ็ดสิบหกสตางค์) โดยในปีงบประมาณ พ.ศ. 2567 สำนักงาน ป.ป.ช. มีนโยบายให้สำนักงาน ป.ป.ช. ประจำจังหวัด ดำเนินการเฝ้าระวังทุจริตเกี่ยวกับโครงการขุดลอกแหล่งน้ำอย่างต่อเนื่อง แต่จะปรับรูปแบบการเฝ้าระวัง โดยมุ่งเน้นการบูรณาการในการเฝ้าระวัง ตรวจสอบ การดำเนินโครงการเกี่ยวกับการขุดลอกแหล่งน้ำ ร่วมกับหน่วยงานที่มีอำนาจหน้าที่ตามกฎหมาย ในแต่ละกรณี อาทิ สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาค สำนักงานเจ้าท่าภูมิภาคสาขา สำนักงานจังหวัด สำนักงานส่งเสริม การปกครองท้องถิ่นจังหวัด ฯลฯ กำกับ ดูแล ตรวจสอบ ให้การดำเนินการโครงการเป็นไปตามระเบียบกฎหมาย กับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเพื่อผลักดันให้หน่วยงานที่มีหน้าที่กำกับดูแล และหน่วยงานเจ้าของโครงการ ได้มีการประเมินความเสี่ยงและบริหารความเสี่ยงของการดำเนินโครงการเพื่อไม่ให้เกิดการทุจริต