ศาลปค.สูงสุด สั่งปรับ กนอ. ถมทะเลสร้างท่าเรือมาบตาพุด

ศาลปกครองสูงสุดตัดสินให้ การนิคมอุตสาหกรรมแห่งประเทศไทยจ่ายค่าปรับ ภายใน 90 วัน  ฐานดำเนินการกระทำสิ่งล่วงล้ำลำน้ำด้วยการถมทะเลตามโครงการก่อสร้างท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุด ก่อนได้รับใบอนุญาต

วันที่ 12 มีนาคม เวลา ๑๓.๓๐ น. ณ ห้องพิจารณาคดี ๙  ศาลปกครองกลางได้อ่านคำพิพากษาของศาลปกครองสูงสุด ในคดีหมายเลขดำที่ อ.๓๗๐/๒๕๔๙ หมายเลขแดงที่ อ.๒๑/๒๕๕๕ ระหว่าง พลตรี เทอดชัย  อภิชัยสิริ ที่ ๑ กับพวก รวม ๔ คน อธิบดีกรมเจ้าท่า (อธิบดีกรมการขนส่งทางน้ำและพาณิชยนาวี เดิม) ที่ ๑ และการนิคมอุตสาหกรรมแห่งประเทศไทย ที่ ๒ ผู้ถูกฟ้องคดี

ผู้ฟ้องคดีฟ้องว่า คณะรัฐมนตรีมีมติเมื่อวันที่ ๒๙ ธันวาคม ๒๕๓๕ อนุมัติให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ก่อสร้างท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุด ระยะที่ ๒ และระยะที่ ๓ ต่อมา ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ได้ขออนุญาตเพื่อถมทะเลตามโครงการดังกล่าว โดยสำนักงานนโยบายและแผนสิ่งแวดล้อมได้กำหนดเงื่อนไขต่างๆ ให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ดำเนินการก่อนออกใบอนุญาต แต่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ถมทะเลระยะที่ ๒ และระยะที่ ๓ ก่อนได้รับอนุญาตจากผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ และไม่ได้ปฏิบัติตามเงื่อนไขที่กำหนดหลายประการ  ผู้ฟ้องคดีทั้งสี่ร้องทุกข์ไปยังคณะกรรมการวินิจฉัยร้องทุกข์ คณะกรรมการวินิจฉัยร้องทุกข์มีคำวินิจฉัยที่ ๑๐๘/๒๕๔๒ ว่า การถมทะเลของผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ เป็นความผิด เนื่องจากกระทำโดยไม่ได้รับอนุญาต เลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกาเสนอต่อนายกรัฐมนตรี และนายกรัฐมนตรีได้สั่งการให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ สั่งให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ หยุดการถมทะเลไว้เป็นการชั่วคราวก่อน จนกว่าจะได้มีการอนุญาตทำสิ่งล่วงล้ำลำน้ำให้ถูกต้องตามกฎหมาย

แต่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ออกใบอนุญาตเลขที่ ๓๒/๒๕๔๕ ลงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ๒๕๔๕ อนุญาตให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ปลูกสร้างสิ่งล่วงล้ำลำน้ำด้วยการถมทะเลตามโครงการก่อสร้างท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุด ระยะที่ ๒ ซึ่งเป็นเวลาหลังจากที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ถมทะเลไปแล้ว ทำให้ที่ดินของผู้ฟ้องคดีทั้งสี่ที่ตั้งอยู่บริเวณหาดทรายทองติดกับโครงการก่อสร้างท่าเรือของผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ได้รับความเดือดร้อนเสียหาย ขอให้ศาลมีคำพิพากษาเพิกถอนใบอนุญาตเลขที่ ๓๒/๒๕๔๕ ลงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ๒๕๔๕ และให้ผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสองปฏิบัติตามคำสั่งของนายกรัฐมนตรีที่สั่งการตามคำวินิจฉัยของคณะกรรมการวินิจฉัยร้องทุกข์ที่ ๑๐๘/๒๕๔๒

ศาลปกครองชั้นต้นพิจารณาแล้วเห็นว่า การถมทะเลตามโครงการก่อสร้างท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุด ระยะที่ ๒ ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ได้ดำเนินการตามเงื่อนไขของคณะกรรมการผู้ชำนาญการโดยพิจารณารายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมด้านโครงการโครงสร้างพื้นฐาน ตามกฎหมายว่าด้วยการส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมถูกต้องครบถ้วนแล้ว  และได้ปฏิบัติตามเงื่อนไขที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ กำหนดตามกฎหมายแล้ว การที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ออกใบอนุญาตเลขที่ ๓๒/๒๕๔๕ ลงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ๒๕๔๕ ให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ถมทะเลตามโครงการก่อสร้างท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุด ระยะที่ ๒ จึงเป็นการกระทำโดยชอบด้วยกฎหมายแล้ว และมีคำพิพากษายกฟ้อง

ผู้ฟ้องคดีทั้งสี่อุทธรณ์ว่า ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ปล่อยปละละเลยให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ได้ดำเนินการถมทะเลตามโครงการก่อสร้างท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาบพุด ระยะที่ ๒ เสร็จสิ้นไปตั้งแต่วันที่ ๑๐ เมษายน ๒๕๔๒ ซึ่งเวลาดังกล่าวเป็นเวลาก่อนที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ออกใบอนุญาตเลขที่ ๓๒/๒๕๔๕ ลงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ๒๕๔๕ ให้แก่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ จึงเป็นการออกใบอนุญาตโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย

ศาลปกครองสูงสุดวินิจฉัยว่า  พระราชบัญญัติส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๓๕ เป็นกฎหมายที่ได้ตราขึ้นใช้บังคับก่อนรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช ๒๕๔๐ โดยมีเจตนารมณ์เพื่อส่งเสริมประชาชนและองค์กรเอกชนให้เข้ามามีส่วนร่วมในการส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อม รวมทั้งกำหนดมาตรการควบคุมและแก้ไขปัญหาสิ่งแวดล้อมเพื่อมิให้มีผลกระทบต่อการดำรงชีพและคุณภาพชีวิตที่ดีของประชาชน โดยมาตรา ๔๖ วรรคหนึ่ง บัญญัติให้รัฐมนตรีโดยความเห็นชอบของคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติมีอำนาจประกาศในราชกิจจานุเบกษากำหนดประเภทและขนาดของโครงการหรือกิจการของส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจ หรือเอกชน ที่มีผลกระทบสิ่งแวดล้อม ซึ่งต้องจัดทำรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อม เพื่อเสนอขอความเห็นชอบตามมาตรา ๔๗ มาตรา ๔๘ โดยความในมาตรา ๕๐ วรรคสอง แห่งพระราชบัญญัติเดียวกัน บัญญัติว่า เมื่อคณะกรรมการผู้ชำนาญการได้ให้ความเห็นชอบในรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมตามมาตรา ๔๙ แล้ว ให้เจ้าหน้าที่ซึ่งมีอำนาจตามกฎหมายในการพิจารณาสั่งอนุญาต หรือต่ออายุใบอนุญาต นำมาตรการตามที่เสนอไว้ในรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อม ไปกำหนดเป็นเงื่อนไขในการสั่งอนุญาต หรือต่อใบอนุญาตโดยให้ถือว่าเป็นเงื่อนไขที่กำหนดตามกฎหมายในเรื่องนั้นด้วย  

บทบัญญัติดังกล่าวจึงเป็นมาตรการทางกฎหมายประการหนึ่งที่ใช้บังคับกับส่วนราชการรัฐวิสาหกิจ หรือเอกชนที่มีการดำเนินโครงการหรือกิจการที่มีผลกระทบสิ่งแวดล้อม  และโดยที่รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช ๒๕๕๐ มีเจตนารมณ์ให้สิทธิและเสรีภาพที่รัฐธรรมนูญฉบับนี้รับรองไว้มีสภาพบังคับได้ทันทีที่รัฐธรรมนูญประกาศให้มีผลใช้บังคับโดยไม่ต้องรอให้มีการบัญญัติกฎหมายอนุวัติการมาใช้บังคับก่อน  ดังนั้น การบังคับใช้บทบัญญัติมาตรา ๔๖ วรรคหนึ่ง และมาตรา ๕๐ วรรคสอง แห่งพระราชบัญญัติส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๓๕ จึงต้องดำเนินการให้สอดคล้องและเป็นไปตามหลักการของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช ๒๕๕๐ มาตรา ๖๗ วรรคสอง ด้วย

คดีนี้ข้อเท็จจริงรับฟังได้ว่า คณะกรรมการนโยบายสิ่งล่วงล้ำลำน้ำมีมติเมื่อวันที่ ๙ เมษายน ๒๕๔๐ เห็นชอบให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ อนุญาตให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ สร้างสิ่งล่วงล้ำลำน้ำด้วยการถมทะเลตามโครงการของผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ได้ โดยมีเงื่อนไขให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ปฏิบัติตามมาตรการลดผลกระทบ และมาตรการติดตามตรวจสอบคุณภาพสิ่งแวดล้อมที่สำนักงานนโยบายและแผนสิ่งแวดล้อมกำหนดโดยเคร่งครัด จึงมีผลผูกพันผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ รวมทั้งมาตรการที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ เสนอไว้ในรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมไปกำหนดเป็นเงื่อนไขในการสั่งอนุญาตด้วย และเมื่อพิจารณาระยะเวลานับตั้งแต่คณะกรรมการนโยบายสิ่งล่วงล้ำลำน้ำได้ มีมติเห็นชอบเมื่อวันที่ ๙ เมษายน ๒๕๔๐ จนถึงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ๒๕๔๕ ซึ่งเป็นวันที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ออกใบอนุญาต ก็ไม่ปรากฏเหตุที่สมควรที่จะรับฟังได้ว่าผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ มีความจำเป็น จึงเป็นการดำเนินการออกใบอนุญาตที่ล่าช้าเกินสมควร ข้อโต้แย้งของผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ที่อ้างถึงความจำเป็นเกี่ยวกับการเงินและงบประมาณของรัฐเกี่ยวกับราคาก่อสร้างและงบประมาณที่ได้รับจะไม่สอดคล้องกัน ประกอบกับสำนักงานนโยบายและแผนสิ่งแวดล้อมได้ให้ความเห็นชอบในรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมโครงการ และคณะกรรมการนโยบายสิ่งล่วงล้ำลำน้ำได้เห็นชอบให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ อนุญาตให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ สร้างสิ่งล่วงล้ำลำน้ำโดยถมทะเล ระยะที่ ๒ รวมทั้งผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ได้มีคำสั่งอนุญาตดังกล่าวข้างต้นแล้ว โดยผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ เชื่อว่าผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ได้อนุญาตให้ดำเนินการถมทะเลได้ จึงรับฟังได้บางส่วน

เมื่อผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ได้กำหนดเงื่อนไขแนบท้ายใบอนุญาตเลขที่ ๓๒/๒๕๔๕ ลงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ๒๕๔๕ โดยมีรายละเอียดที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ พึงต้องปฏิบัติตาม  ซึ่งมีความสอดคล้องและเป็นไปตามความเห็นของคณะกรรมการผู้ชำนาญการในการประชุมครั้งที่ ๒๐/๒๕๓๙ เมื่อวันที่ ๘ พฤศจิกายน ๒๕๓๙  โดยครบถ้วนตามมาตรา ๕๐ วรรคสอง แห่งพระราชบัญญัติส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๓๕ แล้ว การถมทะเลตามโครงการก่อสร้างท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุด ระยะที่ ๒ จึงต้องดำเนินการภายหลังจากได้รับใบอนุญาต และต้องปฏิบัติตามเงื่อนไขแนบท้ายใบอนุญาต ซึ่งเป็นไปเพื่อประโยชน์ในการควบคุมและตรวจสอบคุณภาพสิ่งแวดล้อม ตั้งแต่ก่อนเริ่มดำเนินการจนดำเนินการแล้วเสร็จ  แต่เมื่อข้อเท็จจริงปรากฏว่า ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ได้ดำเนินการกระทำสิ่งล่วงล้ำลำน้ำด้วยการถมทะเลตามโครงการก่อสร้างท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุด ระยะที่ ๒ เมื่อเดือนกันยายน ๒๕๔๐ และได้ดำเนินการแล้วเสร็จเมื่อวันที่ ๒๐ เมษายน ๒๕๔๒ ก่อนที่จะได้รับใบอนุญาตจากผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑  ซึ่งก็ปรากฏข้อเท็จจริงถึงการที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ได้รับทราบถึงการดำเนินการของผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ที่ได้ดำเนินการโดยไม่ชอบด้วยกฎหมายดังกล่าว

การที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ทราบเรื่องที่ ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ดำเนินการถมทะเลตั้งแต่ในปี พ.ศ. ๒๕๔๐ อันเป็นการฝ่าฝืนมาตรา ๑๑๗ วรรคหนึ่ง แห่งพระราชบัญญัติการเดินเรือในน่านน้ำไทย พระพุทธศักราช ๒๔๕๖ แต่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ กลับดำเนินการออกใบอนุญาตเลขที่ ๓๒/๒๕๔๕ ลงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ๒๕๔๕  ให้แก่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒  ซึ่งปรากฏถึงเงื่อนไขแนบท้ายใบอนุญาตที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ต้องปฏิบัติตามมาตรการลดผลกระทบและมาตรการติดตามตรวจสอบคุณภาพสิ่งแวดล้อม และรายงานผลการตรวจสอบคุณภาพสิ่งแวดล้อมให้กรมเจ้าท่า และสำนักงานนโยบายและแผนสิ่งแวดล้อมในกรณีต่างๆ ทั้งในระยะก่อสร้างและในระยะดำเนินการอย่างเคร่งครัด

 จึงเป็นกรณีที่มีผลให้เงื่อนไขแนบท้ายใบอนุญาตที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ต้องปฏิบัติดังกล่าวไม่มีสภาพบังคับในการปฏิบัติเพื่อประโยชน์ในการควบคุมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมในบริเวณพื้นที่ที่มีการก่อสร้างท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุด ระยะที่ ๒ ตามเงื่อนไขที่กำหนดในใบอนุญาต ซึ่งต้องมีการรายงานผลการปฏิบัติ และการควบคุมตรวจสอบว่าเป็นไปตามเงื่อนไขแนบท้ายใบอนุญาตหรือไม่  ดังนั้น การที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ออกใบอนุญาตเลขที่ ๓๒/๒๕๔๕ ลงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ๒๕๔๕ ให้แก่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ กระทำสิ่งล่วงล้ำลำน้ำด้วยการถมทะเลโครงการก่อสร้างท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุด ระยะที่ ๒ หลังจากที่มีการดำเนินการเสร็จสิ้นก่อนการออกใบอนุญาต จึงเป็นการออกคำสั่งที่ไม่ชอบด้วยกฎหมาย

ศาลปกครองสูงสุดเห็นว่า เมื่อการออกใบอนุญาตโดยไม่ชอบด้วยกฎหมายได้กระทำมาเป็นเวลานานแล้ว และผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ก็ได้ดำเนินการตามใบอนุญาตนั้นจนเสร็จสิ้นแล้ว หากศาลมีคำบังคับให้เพิกถอนคำสั่งดังกล่าวก็จะมีผลให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ต้องดำเนินการ เพื่อให้กลับคืนสู่สภาพเดิมรวมถึงการรื้อถอนสิ่งล่วงล้ำลำน้ำทั้งหมด ซึ่งอาจก่อให้เกิดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมที่ตามมาจากการรื้อถอน และระบบการลงทุน ที่ได้ดำเนินการมาโดยต่อเนื่องตลอดมา รวมถึงจะก่อให้เกิดผลกระทบต่อเศรษฐกิจ แต่การที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ได้ใช้อำนาจออกใบอนุญาตตามมาตรา ๑๑๘ ทวิ วรรคห้า แห่งพระราชบัญญัติการเดินเรือในน่านน้ำไทย พระพุทธศักราช ๒๔๕๖ แล้ว ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ จึงต้องชำระค่าปรับตามที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ กำหนดตามอัตราในมาตรา ๑๑๘ กล่าวคือ ค่าปรับซึ่งคำนวณตามพื้นที่ของอาคารหรือสิ่งอื่นใดในอัตราไม่น้อยกว่าตารางเมตรละห้าร้อยบาทแต่ไม่เกินตารางเมตรละหนึ่งหมื่นบาท และโดยที่เงื่อนไขที่กำหนดท้ายใบอนุญาต ถือเป็นเงื่อนไขสำคัญที่ไม่อาจยกเว้นหรือปฏิบัติเป็นอย่างอื่นได้ โดยเฉพาะกรณีการปฏิบัติตามมาตรการลดผลกระทบและมาตรการติดตามตรวจสอบคุณภาพสิ่งแวดล้อมที่เสนอมาในรายงานโดยเคร่งครัด

กรณีการรายงานผลการตรวจสอบคุณภาพสิ่งแวดล้อมในเรื่องต่างๆ ให้กรมเจ้าท่าและสำนักงานนโยบายและแผนสิ่งแวดล้อม กรณีที่หากเกิดปัญหาสิ่งแวดล้อมขึ้น ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ต้องดำเนินการแก้ไขปัญหาโดยเร็ว กรณีที่เกิดการร้องเรียนด้านทรัพยากรสัตว์น้ำและอื่นๆ และได้รับการพิสูจน์ว่าเป็นจริง เจ้าของโครงการจะต้องชดใช้ค่าเสียหายทั้งหมด และในกรณีเกิดความเสียหายจากการถมทะเล เช่น การกัดเซาะพังทลายของชายหาดหรือความเสียหายอื่นๆ ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ จะต้องดำเนินการแก้ไขทันที ตลอดจนปฏิบัติตามข้อแนะนำของกรมเจ้าท่าและสำนักงานนโยบายและแผนสิ่งแวดล้อมอย่างเคร่งครัด และหากกระทำเพื่อป้องกันความเสียหายร้ายแรงที่เกิดขึ้นตามมา ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ จะต้องเป็นผู้รับผิดชอบและชดใช้ค่าใช้จ่ายและค่าเสียหายนั้น โดยกำหนดให้ผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสองตรวจสอบและพิจารณาป้องกันหรือเยียวยาความเสียหายที่เกิดขึ้นจากการดำเนินการถมทะเลตามโครงการของผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ให้เสร็จสิ้นโดยเร็ว และสมควรกำหนดเป็นเงื่อนไขโดยให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ มีคำสั่งเรียกให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ชำระค่าปรับกรณีนี้ให้ครบถ้วนถูกต้องตามที่กฎหมายกำหนดภายใน ๙๐ วัน นับแต่วันที่มีคำพิพากษา  หากพ้นกำหนดระยะเวลาดังกล่าว ยังปรากฏว่าผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ไม่ยินยอมชำระค่าปรับ ก็ให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ เพิกถอนใบอนุญาตดังกล่าวตั้งแต่วันถัดจากวันที่ครบกำหนด ๙๐ วัน

ข้อที่ผู้ฟ้องคดีฟ้องว่า การถมทะเลโครงการของผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ยื่นล้ำมาบังหน้าที่ดินของผู้ฟ้องคดีทั้งสี่เป็นการทำลายคุณค่าและความงดงามตามธรรมชาติที่เคยมองเห็นได้จากแนวตรงจากชายฝั่ง โดยเฉพาะคุณค่าด้านทัศนียภาพ ในชั้นการแสวงหาข้อเท็จจริงของศาล ยังไม่อาจรับฟังได้ตามคำฟ้องของผู้ฟ้องคดีทั้งสี่ ศาลจึงไม่อาจกำหนดค่าเสียหายให้แก่ผู้ฟ้องคดีทั้งสี่ได้ แต่การป้องกันและเยียวยาความเสียหายที่จะเกิดขึ้นจากโครงการดังกล่าว ยังถือเป็นกรณีที่อยู่ในความรับผิดชอบของผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสองส่วนข้อที่ผู้ฟ้องคดีทั้งสี่ฟ้องว่า ผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสองละเลยต่อหน้าที่กรณีไม่ปฏิบัติตามคำสั่งนายกรัฐมนตรีที่สั่งการตามคำวินิจฉัยของคณะกรรมการวินิจฉัยร้องทุกข์ที่ ๑๐๘/๒๕๔๒ นั้น เห็นว่า เมื่อผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ได้มีหนังสือลงวันที่ ๑๑ มกราคม ๒๕๔๓ สั่งการให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ หยุดดำเนินการใดๆ จนกว่าจะได้รับอนุญาตจากผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ และผู้ฟ้องคดีทั้งสี่นำคดีมาฟ้องต่อศาลปกครองชั้นต้นเป็นเวลาภายหลังจากที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ออกใบอนุญาตเลขที่ ๓๒/๒๕๔๕ ลงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ๒๕๔๕ ณ เวลาดังกล่าวแล้ว ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ จึงไม่มีหน้าที่สั่งการให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ หยุดการถมทะเล เพราะเหตุแห่งการฟ้องคดีข้อหานี้ได้หมดสิ้นไป ก่อนนำคดีมาฟ้อง

พิพากษาแก้คำพิพากษาของศาลปกครองชั้นต้นในส่วนที่ให้ยกฟ้องคำขอของฟ้องคดีที่ขอให้เพิกถอนใบอนุญาตเลขที่ ๓๒/๒๕๔๕ ลงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ๒๕๔๕ ที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ อนุญาตให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ กระทำสิ่งล่วงล้ำลำน้ำโดยการถมทะเลโครงการท่าเรืออุตสาหกรรมมาบตาพุด ระยะที่ ๒ เป็นให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ มีคำสั่งเรียกให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ชำระค่าปรับให้ถูกต้องตามมาตรา ๑๑๘ ทวิ แห่งพระราชบัญญัติการเดินเรือในน่านน้ำไทย พระพุทธศักราช ๒๔๕๖ ภายใน ๙๐ วัน นับแต่วันที่ศาลมีคำพิพากษา  หากผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ไม่ปฏิบัติตามภายในระยะเวลาดังกล่าวให้เพิกถอนใบอนุญาตเลขที่ ๓๒/๒๕๔๕ ลงวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ๒๕๔๕ โดยให้มีผลตั้งแต่วันถัดจากวันที่ครบกำหนด ๙๐ วัน นับแต่วันที่ศาลมีคำพิพากษา

คดีนี้ศาลปกครองสูงสุด มีข้อสังเกตเกี่ยวกับแนวทางหรือวิธีการดำเนินการให้เป็นไปตามคำพิพากษาด้วยว่า เมื่อการก่อสร้างตามโครงการนี้เป็นโครงการที่มีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมในวงกว้าง และต้องปฏิบัติตามเงื่อนไขที่กำหนดแนบท้ายใบอนุญาต  ดังนั้น ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ จึงสมควรเร่งรัดติดตามตรวจสอบว่าผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ได้ปฏิบัติตามเงื่อนไขแนบท้ายใบอนุญาตแล้วหรือไม่ โดยเฉพาะในเรื่องการกำหนดให้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ต้องปฏิบัติตามมาตรการลดผลกระทบและติดตามตรวจสอบผลกระทบสิ่งแวดล้อม ซึ่งรวมถึงมาตรการการป้องกันการกัดเซาะชายฝั่งและมาตรการติดตามตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงชายฝั่ง โดยจัดทำแนวป้องกันการพังทลายของชายฝั่งและดูแลปรับปรุงซ่อมแซมให้มีความมั่นคงแข็งแรง ปรับสภาพพื้นที่ด้านหลังและป้องกันเขื่อนหินเรียงสองฝั่งถนนเลียบชายหาดที่เสียหายจากการกัดเซาะจากการถมทะเลตามโครงการให้มีระดับพื้นที่ใกล้เคียงกับระดับพื้นที่เดิม ซึ่งหากผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๒ ไม่ปฏิบัติตามเงื่อนไขดังกล่าวก็เป็นเหตุที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ อาจพิจารณาเพิกถอนใบอนุญาต หรือดำเนินการให้เป็นไปตามอำนาจหน้าที่ของผู้ถูกฟ้องคดีที่ ๑ ได้ นอกจากที่แก้ ให้เป็นไปตามคำพิพากษาของศาลปกครองชั้นต้น